Выбор между консолью и файлами вам придется делать каждый раз, когда вы станете писать очередную программу.
Между тем ответ на вопрос, вынесенный в заголовок этого пункта, прост.
Например, если вашей программе необходимо получить два или три числа (пять - уже многовато) или строку длиной символов десять, вы вполне можете задавать такие данные с клавиатуры вручную. Если же вам (а еще вероятнее - не вам, а некоему усредненному и потому посредственному оператору) придется вводить, скажем, массив чисел 10х10, то вероятность ошибки при ручном вводе возрастает многократно. Значит, возможность этой ошибки нужно исключить: записать данные в файл, который легко отредактировать в случае необходимости. Кроме того, однажды созданный файл можно использовать многократно (может быть, с незначительными изменениями).